paper的心得

1.Transcriptome Profiling Using Next-Generation Sequencing

Abstract：High-throughput analysis of transcriptome profiles has become a standard tool in clinical research. The prevailing wisdom holds that one should be able to interpret patterns of gene expression in diseased individuals, with a view toward using these data to elucidate etiology, refine diagnosis, predict prognosis, and improve treatment of diseases based on unique associations between cohorts of genes that are over- or under-represented in the transcriptome of pathologic samples. This concept has been applied most ardently to cancer in an effort to deduce patterns of gene expression that predict tumor progression and facilitate risk stratification of patients with early stage disease. This approach has also been used to identify molecular pathways that are critical to tumor survival, growth, or progression. In theory, mechanism-based inhibitors could then be used to block the pro-malignant influence of these oncogenic signaling pathways. The ultimate goal is to be able to analyze transcriptome profiles in individual tumor samples and to use this information to tailor therapies that are specific to the collection of oncogenic stimuli that drive individual tumors. The realization of these aims will require, at the least, reliable means to quantify gene expression, robust bioinformatics tools to define and identify the critical oncogenic signaling pathways, and mechanism-based inhibitors that may be used to block these pathways. The development of such inhibitors will not be considered in this article, which focuses primarily on emerging technology for quantification and characterization of transcripts within clinical samples ().

2.Applications of New Sequencing Technologies for Transcriptome Analysis

3.Applications of next-generation sequencing technologies in functional genomics

A new generation of sequencing technologies, from Illumina/Solexa, ABI/SOLiD, 454/Roche, and Helicos, has provided unprecedented opportunities for high-throughput functional genomic research. To date, these technologies have been applied in a variety of contexts, including whole-genome sequencing, targeted resequencing, discovery of transcription factor binding sites, and noncoding RNA expression profiling. This review discusses applications of next-generation sequencing technologies in functional genomics research and highlights the transforming potential these technologies offer.

4.New genomic technique uncovers coral transcriptome

Using a new technique for cDNA preparation combined with the latest sequencing methods, researchers have uncovered the larval transcriptome of a reef-building coral (Acropora millepora). Their study, described in the open access journal BMC Genomics, features the most extensive database of genes and genetic markers currently available for any coral.

A collaborative team of researchers from the University of Texas at Austin and Indiana University, led by Mikhail Matz and John Colbourne, developed a new method for transcriptome analysis based on next-generation 454 sequencing technology. De novo transcriptome analysis is a cost-efficient alternative to genome sequencing when the goal is discovery of protein-coding genes and genetic markers. According to Eli Meyer, the primary author on the paper, “Our method specifically addresses problems that had hindered the sequencing of transcriptomes with 454, such as homopolymer (A/T) tracks, adaptor artifacts, and uneven transcript coverage”.

The new method requires as little as 1 microgram of total RNA, eliminates the need for a strand-selection step prior to emulsion PCR, and results in 2-5 fold greater 454 sequence output than in any previously reported attempts.  Meyer said, “These tools allow for the rapid development of sequence resources for any organism at a low cost – a few weeks and a few thousand dollars”.

The protocol outlined in the paper was developed for 454-FLX. The current version of the protocol (available from the authors' website) is already modified and tested to work with the latest ‘Titanium’ version of 454.

As well as demonstrating the technical power of the method, the study has identified approximately 11,000 genes on the basis of sequence similarity with known proteins, over 30,000 markers of genetic variation, and a number of novel candidate genes for stress-related processes.  The characterization of the larval transcriptome for this widely studied coral will enable research into the biological processes underlying stress responses in corals and their evolutionary adaptation to global climate change.

5.mRNA Analysis with Next-Gen Sequencing: Assay Combines Benefits of Microarrays, Quantitative PCR, and EST Sequencing

6.Next-generation DNA sequencing of paired-end tags (PET) for transcriptome and genome analyses(full text)

7.NEXT GENERATION SEQUENCING: NEW FORAYS IN WHOLE TRANSCRIPTOME, WHOLE INTERACTOME AND WHOLE GENOME STUDIES(full text)

8.Complementary DNA sequencing and identification of mRNAs from the venomous gland of Agkistrodon piscivorus leucostoma(full text)

9.Sequence census methods for functional genomics(full text)

10.The beginning of the end for microarrays?(full text)

六月2号出发。三号早上到，漓江，岩洞，泥巴浴（记得带泳衣），饱餐一早一中，然后住一晚上酒店；四号，单车 ，自由活动。晚上指定地点集中返回。五号一早回到广州。费用380左右，请QQ或短信回复姓名和身份证号。19272446、15920576006。24小时竭诚为您服务

D1：广州——海口            

     是日于13:30分在约定地点集合,随后乘车前往广州南沙区黄阁镇沙仔岛码头，下午16:00搭乘日本

万吨豪华游轮“椰香公主号”前往海口，船上可欣赏珠江两岸风光、途经虎门大桥、远眺香港、澳门迷人夜景、

观赏日落日出，亲临椰风海韵、畅游南国风情。                                

（早餐：× 中餐：× 晚餐：×）                      住：船上(三等舱B)

D2：海口                    

睡到自然醒后,可到甲板上观看日出,大约早上11：00到达海口秀英港轮渡码头，午餐后团友们可在酒店休息

或自由活动（14：30---17：00）不含晚餐。

（早餐：× 中餐：× 晚餐：×）                          住：海口（准三星）

D3：海口——博鳌——兴隆 

早餐后乘BUS前往兴隆，途中车览红色娘子军雕塑像及有母亲河之称的万泉河，自费游览博鳌水城世界吉尼斯

记录奇观玉带滩及成立会址(约60分钟)(自理98元/人)、这里三江“万泉河、九曲江、龙滚河”汇集，可谓揽

尽河海美景，独占山水精华。游览龙滚黎村苗寨(约60分钟) ,参观兴隆宝树堂(约45分钟),后品尝兴隆华隆咖

啡(约45分钟),晚上可自费观看红艺人表演(约150分钟)。

（ 早餐：√中餐：√ 晚餐：√）                          住：兴隆（准三星）

D4：兴隆----三亚                                          

早餐后乘BUS前往神秘雨林的守望者——槟榔谷(约120--150分钟)（自理169元/人）,感受原住民黎村、原蚩

尤苗寨和原始热带雨林的独特风情，参观南海金钢刀厂(约45分钟),免费品尝海味(约45分钟),后前往大小东海

(约60--120分钟) (水上活动自理)，后游览久负盛名的天涯海角、南天一柱风景区(约60分钟)，观生态茶艺表演(约50分钟)，免费品尝生态保健茶苦丁茶. 晚上可自费品尝海鲜风味餐(150元/人) 或夜游三亚湾(198元/人) (约150分钟)

（早餐：√中餐：√ 晚餐：√）                            住：三亚（准三星）

D5：三亚----海口――广州                                        

早餐后乘BUS前往游览被喻为天下第一湾的亚龙湾,游览国内首家以贝类为主，集观赏、科普于一体的综合

性主题展馆—－贝壳馆、中心广场和被喻为天下第一湾的亚龙湾海滩,之后再来到环境清幽的――蝴蝶谷.中心广

场、贝壳馆及蝴蝶谷(约90分钟)（自理70元/人），永泰珠宝翡翠中心(大约60分钟)、一品椰土特产中心(大

约45分钟)，乘车返海口，乘下午16：00船返广州!离开美丽的海南.  

（早餐：√ 中餐：√ 晚餐：×）                       住：船上(三等舱B)

 

D6: 睡到自然醒,可到甲板上观看日出（船上费用自理）中午12:00到达广州南沙码头，结束愉快的旅程！

【费用包含】往返船票（三等B，8到16人一间房）、广州段往返码头大巴、、当地旅游空调车、景点第一大门票、海南三晚准三星酒店、

五正三早餐(正餐为八菜一汤、早餐为五点一粥)。旅行社责任险、导游服务。

【费用未含】往返船上用餐；行程中自费项目；酒店内的自费项目及个人消费；海南酒店基金；

如遇到人力不可抗拒灾害原因（台风，地震，洪水等）产生费用由客人自理。

【特别说明】1、出现单男单女配三人房或自补房差。不按全额收费的1米2以下儿童，不占床位，超高门票全额自理.

            2、此行程需进6-7个购物点：咖啡店、刀具厂、宝树堂、海味馆、茶艺店、土特产、珠宝；

3、导游会引导性消费,不强迫.

【注意事项】：1、请每位客人在出发前带上身份证原件，以便登记酒店入住手续.

             2、海南属热带气候，常年气温偏高，前往旅游特别注意防暑、防晒、防蚊虫叮咬.

3、游泳需经带团导游同意并在指定的安全区内,客人需懂水性,并且需要本人签名确认安全后果自负.

             4、请注意个人安全，保管好个人随身携带的贵重物品以及船票。

本行程不进任何购物点，青山绿水纯玩团！

第一天： 

◇  晚上8点在广州市区指定地点上车出发去桂林阳朔，车上介绍领队 ◎介绍行程计划安排 ◎专人领队讲解注意事项

                                                                           住：空调汽车座位

第二天 ：

◇ 早餐后出发去兴坪古镇，

◇ 坐竹排游漓江精华段（黄布倒影、神女峰、凤尾竹林、20元人民币实景地、九马画山、冷水渡）,如遇天有小雨,则妙不可赞,烟雨漓江的绝美景色叫您感觉有如人在画中一般的梦幻感觉。

◇ 返回到兴坪码头，中午在江边用餐，一边享受美味的农家饭，一边享受漓江的美景！

◇ 午餐后返回阳朔

◇ 下午乘车去参观国家AAAA景区银子岩！它是世界第一溶洞，它的壮观与美丽顶能让你震撼不已。

◇ 游玩后，送回阳朔西街，晚上自由活动，晚上逛西街和泡吧，自理晚餐，可以品尝当地名吃-啤酒鱼、螺丝囊、烧鸡等，那里的西餐也是很正宗的，喜爱的朋友值得一尝

◇ 晚上时间可(自费150元/人)观看张艺谋的大作--印象刘三姐或逛西街

 

第三天：

◇ 早上7点集中，记得把行李带好统一在酒店的大厅保管。贵重物品一定要随身带上哦,匙统一交回酒店退房！

◇ 挑选自己喜爱的单车，调试并熟悉单车各种性能 。

◇ 早餐后踩单车游遇龙河。行走在田间的阡陌小路，穿梭于迷人山水之间，不时遭遇的异族小村落，独特的异族风情，定让你惊喜不已。

◇ 可悠闲地坐在小漓江的竹排上（自费） 。在清澈见底的遇龙河中与鱼儿嬉戏。

◇ 然后前往大榕树景区，参观刘三姐故居。可记得一定在围住千年古榕转一圈，回来给你带来好运的哦！自由参加景区的竹筏水上活动。

◇ 在月亮山对面午餐（香喷喷的农家鸡、绿油油的青菜，听着都很诱人呀），还可以欣赏月亮山从满月到月牙的奇特景观。餐后稍做休息

◇ 参观图腾古道，图腾古道主要讲述桂林人一万多年前甄皮岩人文化古迹及当时生活状况的再现场景.....

◇ 返回阳朔，晚餐，晚上8点在指定位置上车返回广州

住：空调汽车座位

第四天：

◇ 早上6点左右回到可爱的家——广州!

标准：

1. 包含桂林阳朔全程空调大巴车费、桥路费

2. 旅行社责任险

3. 含如下景点门票：单车费用，刘三姐故居，大榕树门票以及园内的竹筏费用，游漓江精华段、图腾古道，银子岩

4. 一晚住宿（准三星标准双人房）

5. 两早四正

6、导游服务

 

备注：本社有权在不改变原有行程景点的前提下，根据具体情况调整行程的安排！

个人用品(推荐)：休闲背包、休闲鞋、相机、防晒用品、遮阳帽、泳装、雨具、防寒衣裤（车上冷气）、洗漱用品、饮用水、个人特殊用品……。

刚刚查到，从广州到景德镇的火车硬座票价：150/单程。So，往返就要300还有长途车、门票等~

另外，去桂林的火车也要140左右，也是硬座哦！难道意味着，偶们只能坐汽车出游？晕车的人儿啊~

第一天：早上广州火车站大钟下集合，乘N610次空调硬座（08：26分）赴坪石（11：51分）抵坪石中餐后赴“中国原始生态第一山”——莽山国家森林公园。优越的自然条件，使这里的森林植被种类繁多，形成了独特有趣的格局。抵达后游[鬼子寨风景区]观李自成造纸湖遗址、木鱼石、千年石间柏、美人松、将军石、情人谷、鬼子寨瀑布，国家一级保护植物红豆杉、香果树等景点。鬼子寨---如痴如醉、这里正处于原始林莽深处，300余米的幽深峡谷中，千尺飞瀑狂泻，四周悬崖峭壁遮天蔽日，奇松怪石令人惊叹叫绝。在3000亩风景区内，峰林之奇，花木之秀，飞泉之美，松石之神，在天际间组成巨幅有形有色有声的奇伟画卷。                                             宿：莽山

第二天：早餐后游经相思坑，前往 [猛坑石景区]观日出吸取天地之灵气，原空军雷达基地，蛤蟆石等景点。这也是莽山的最高峰，雄据湘粤两省三市交界之处，挺拔千峰之上，四周群峰簇拥。它在广东省境也是最高峰，被称作“石坑空”，号称“天南第一峰”。 经十里画廊、五松迎客后进入[天台山（崖子石）景区]。景区内奇峰林立，悬崖峻险。 崖子石由三座高峰组成，山势雄伟，气势磅礴，峰中有谷，谷中有峰，奇峰林立。崖于石主峰1757米，在第二、三高峰间，双峰相对直插云天，浑然而成雄伟天门，号称“东天门”。相传玉皇大帝每遣使者到人间主事，都要从这道东天门出天庭方能下凡。

 宿：莽山

第三天：早餐后参观[莽山搏物馆]，参观完后游[猴王寨景区]观水帘洞、鲸鱼出海、仙人洞、春姑潭、孔雀开屏景点。猴王寨景区：源头青龙溪从鬼子寨泻下，穿越原始森林的千涧万壑，最后在奉天坪群山大峡谷间似一条怒吼的青龙跃下，如腾龙舞到了最后最壮丽的高潮。这里背靠原始林莽，危崖峭壁，古木蔽天，瀑群壮观。游完后赴坪石中餐后乘N609次（14：04/17：36）空调火车返回广州，结束愉快的原始生态之旅！

标准：1、住莽山二晚三星标准双人房

2、餐（含五正二早、八菜一汤）

      3、景点景区第一大门票    

4、优秀导游服务

      5、往返火车票及订票费    

6、当地空调旅游用车

第一天：早上广州火车站大钟下集合，乘N610次空调火车（08：26分/12：40）赴自古享有“山川之秀甲湖南”美誉的湖南历史文化名城——郴州。抵郴州（中餐自理）后下午游位于郴州市城东被誉为“天下第十八福地”——[苏仙岭]。境内山势秀丽，万木葱笼，游万福山、万福泉、白鹿洞、桃花居、郴州旅舍、升仙石、景星观、驰名海内外的——三绝碑、苏仙观、当代革命历史遗留下来的曾囚禁张学良将军的——《 屈将室》。

宿：资兴宾馆/同级

第二天：早餐后乘环保车进入[东江湖景区],欣赏迷人的山水风光,有雾漫小东江、猴古山瀑布、“亚洲第一大坝”——东江大坝，乘游船漫游面积160平方千米，有“湘南洞庭”之称的——东江湖，登东江湖特大溶洞——兜率岩(20元自理)，洞内迷人的溶洞奇景让你留连忘返。下午游览由四个瀑布群组成的—龙景峡谷，两侧原始森林成群，峡谷内空气负离子含量在每立方厘米8万个以上是一个洗肺，品氧的好地方，主要景点有三叠瀑布、龙须沟、鸳鸯潭。（含东江湖游船）

                                           宿：神龙园大酒店/同级

第三天：早餐后游以湘南古民居建筑样式为载体，把我国理学开山鼻祖周敦颐及其《爱莲说》做成的主题公园——[湘南风情园]。园中以湘南古民居的建筑为特色，从而把周敦颐笔下的莲花形象、理学精髓，深深定格在“郴城”历史发展脉络中。湘南风情园爱莲湖风景区就是按照这个构思规划、设计、建设的。占地148亩，由一个湖、一个岛、、一座戏台、一条沿江风光带和两个广场、两座牌坊、两座雕像、四座桥梁等几十个小景点组成。  参观湘南最大的城市广场——五岭广场、青山寨中餐后乘N609次空调火车（13：20/17：36）返回广州，结束愉快的郴州山水风光之旅！

标准：

1、住当地两晚三星级标准双人房          

2、餐（含四正二早、八菜一汤）

      3、景点景区第一大门票+东江湖游船 

4、优秀导游服务

      5、往返火车硬座票及订票费

     6、全程空调旅游用车

http://www.ghl.com.cn/tourmall/line/1687.htm

十个小时的车程听上去比较可怕，本来是一个非常不错的毕业旅行的选择。口是~偶实在灰常不爽生态、基地也要去呀~

偶们就没有偶们自己的特殊的集体回忆了~~~

咔咔咔 ~

丢个网址上来~价钱一般都是200~300之间滴~

关键词：汽车、四天、300~500

海南三亚是海南旅游的重中之重，知己好友三五成群，光着脚才在细软的沙滩上嬉戏玩耍迎朝阳看日落，也是很浪漫的事情。还有异国美女、秀色可餐~！

室内夜景也是很漂漂的~过年的时候还可以在海边放孔明灯，放烟花~

主要景点：亚龙湾、天涯海角等。

推荐自助游。

相关网址：http://www.ghl.com.cn/TOURMALL/line/4419.htm

关键词：汽车、三天、500~800

木有去过厦门，也只是再往上看到过。

最夺人眼球的应该是厦门大学和鼓浪屿了

相关网址：http://www.ghl.com.cn/tourmall/line/3731.htm

 

http://www.ctrip.com/community/itinerarywri/1054243.html

 

关键字：双卧、四天、500~800元

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关于凤凰，我就不详细介绍了。不管是从装13的角度，还是沈先生的作品，大家都有所了解。

我07年暑假在凤凰呆了半天，觉得那里人很淳朴，景点很商业，很小。有学生票。

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相关网址：http://www.ghl.com.cn/tourmall/line/688.htm

江西婺源在江西省的上饶市，一开始引起我的注意还是从小说《原来你也在这里》中看到的。一开始，还觉得男女主角也真够矫情的，选了这么一个听也没听说过的地方。

后来，宿舍的唤唤同学也开始在宿舍叫嚣着要去婺源旅行。婺源的名字，看上去还是有一点点的13的~~我装我装我装装装。

言归正传，一个熟识的导游介绍：婺源主要是人文景点，官商合一，民居很有特色，附近还有三清山自然保护区（去的话要上千）。可以买那边的套票，一共是十几个经典，一共300（只是票）——我忘了问学生的优惠~

如果去一些零零散散不那么出名的地方呢，就要780~800的样子。

第一天：坐火车去南昌，从南昌坐汽车去婺源

第二天，第三天：玩

第四天：原路返回

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下面给大家几个链接，你也可以在百度输入：婺源 攻略

http://www.likefar.com/routedetail.cfm/argu/cid,13-id,500

http://www.yododo.com/area/1-01-16-22-01

 

Isolation of salinity tolerant genes from the mangrove plant, Bruguiera cylindrica by using suppression subtractive hybridization (SSH) and bacterial functional screening

Yeen-Yee Wong a, Chai-Ling Ho a,*, Phuoc Dang Nguyen a, Swee-Sen Teo a,
Jennifer Ann Harikrishna b, Raha Abdul Rahim a, Michael C.V.L. Wong c

My question:
1.Why the number of cDNAs isolated by SSH is much fewer than that by bacterial functional screening.
I know those gene that code proteins needing post translational modification can be identified by SSH, but Why those without post translational modification can not?
2.which approach is useful?
3.Why the root is selected as the test tissue instead of the leaves?

Construction of a SSH library of Aegiceras corniculatum under salt stress and expression analysis of four transcripts

Xinhui Fu, Yelin Huang, Shulin Deng, Renchao Zhou, Guili Yang, Xiaowei Ni,
Weijing Li, Suhua Shi *

Methods and material:

Discussion:

My questions:

1. Why are we able to amplifying the full-length cDNA of AcNHA or other genes?

2.How we know that a decline of both transcripts of AcPIP1 and AcPIP2 in leaves of A. corniculatum, and then improved their expression after 18 h stress?

3. 

Fu, X. H. and Y. L. Huang, et al. (2005). "Construction of a SSH library of Aegiceras corniculatum under salt stress and expression analysis of four transcripts." PLANT SCIENCE 169 (1): 147-154.